Μέσα στα διοικητικά όρια του Νομού Καρδίτσας και για την καλύτερη διοίκηση της εκκλησίας του Χριστού, λειτούργησαν και διέλαμψαν κατά καιρούς διάφορες Επισκοπές, Αρχιεπισκοπές και Μητροπόλεις. Έδρες τους ήταν κάποιοι σημαντικοί οικισμοί της περιοχής μας. Οι εκκλησιαστικές αυτές περιφέρειες ήταν οι παρακάτω:

Η Επισκοπή Μητρόπολης. Η Έδρα της πρώτης Επισκοπής στην περιοχή μας φαίνεται ότι υπήρξε η αρχαία πόλη της Μητρόπολης (Παλιόκαστρο).

Η Επισκοπή Γόμφων. Οι αρχαίοι Γόμφοι βρίσκονταν δύο χιλιόμετρα περίπου Β.Α. του Μουζακίου. Στα 531 μ.Χ. είχε Επίσκοπο τον Ευστάθιο και ανήκε στη Μητρόπολη της Λάρισας. Ακόμη και σήμερα η θέση των Γόμφων είναι γνωστή με το όνομα Επισκοπή.

Η Επισκοπή Πατσουνίας. Αναφέρεται κατά τον 9ο αιώνα και χωρίς να θεωρείται απόλυτα βέβαιο, πιστεύεται ότι η έδρα της ήταν στην περιοχή Μουζακίου, και συγκεκριμένα στο χωριό Βατσουνιά.

Η Επισκοπή Σμοκόβου. Για πρώτη φορά τη συναντούμε στα χρόνια του βυζαντινού αυτοκράτορα Λέοντα ΣΤ' του Σοφού (886-912 μ.Χ.). Ως επισκοπή Οξυμοκόβου τη συναντάμε επί Ιωάννη Τσιμισκή, ενώ αναφέρεται και επί Αλεξίου Α' Κομνηνού (1081-1118 μ.Χ.).

Η Επισκοπή Λιτζάς και Αγράφων. Τον 9ο αιώνα αναφέρεται για πρώτη φορά ως «Λιτζάς». Με ολοκληρωμένη την ονομασία της, δηλαδή ως «Λιτζάς και Αγράφων», τη συναντούμε στα τέλη του 13ου αιώνα κι έτσι διατηρήθηκε ως το 1833, οπότε έπαυσε να υπάρχει. Μέχρι τα μέσα του 15ου αιώνα φαίνεται ότι είχε έδρα κατά διαστήματα τη Ρεντίνα, το Σμόκοβο, τα ʼγραφα, την Επισκοπή Αγραίων στην Ευρυτανία και ίσως το Φουρνά και τον Κλειτσό της ίδιας περιοχής. Από τον 16ο αιώνα κι έπειτα φαίνεται ότι μόνιμη έδρα της ήταν το Καρπενήσι..

Η Επισκοπή Καπούας. Αναφέρεται και ως «Καπούας και Φαναριού», και ενδιάμεσα για μικρά χρονικά διαστήματα ως «Φαναριού». Μας είναι γνωστή από το 1382 μ.Χ. ως το τέλος του 16ου αιώνα, οπότε μετονομάστηκε σε Αρχιεπισκοπή Φαναριού και Νεοχωρίου. Υπάρχει ένα πρόβλημα για το ποια ήταν η έδρα της. Πιστεύεται ότι για όσο διάστημα στον τίτλο της υπήρχε η λέξη Καπούα, αυτή ήταν και η έδρα της, δηλαδή το σημερινό χωριό Καππά Καρδίτσας. Όταν όμως έφερε τον τίτλο «Φαναριού» τότε είχε έδρα το Φανάρι.

Η Επισκοπή Φαναριού και Νεοχωρίου. Από το έτος 1587 μ.Χ. αναφέρεται ως Επισκοπή, ενώ από το 1596 λόγω προαγωγής αναφέρεται ως Αρχιεπισκοπή με τον ίδιο τίτλο. Έδρα της ήταν το Φανάρι, το οποίο διατήρησε την Αρχιεπισκοπική του έδρα για τρεις περίπου αιώνες μέχρι την απελευθέρωση της Θεσσαλίας το 1881.

Η Επισκοπή Σκοτούσης και Μασκλουρίου. Για την Επισκοπή αυτή μας μιλάει μια εκκλησιαστική επιγραφή του 1736 μ.Χ., που υπήρχε στο χωριό Αλχανί του παλαιού δήμου Σκοτούσης των Φαρσάλων. Επίσκοπος την ίδια χρονιά ήταν ο Ιάκωβος. Είχε έδρα το χωριό Μοσχολούρι, δίπλα στους Σοφάδες Καρδίτσας, όπου γινόταν το ξακουστό ετήσιο παζάρι, από τα μεγαλύτερα όχι μόνο της Ελλάδας αλλά και των Βαλκανίων.

Η Μητρόπολη Φαναριοφερσάλων. Για πρώτη φορά τη συναντάμε το 1820 μ.Χ., όταν ενώθηκε η Αρχιεπισκοπή Φαναριού και Νεοχωρίου με την Επισκοπή Φερσάλων. Συνέχισε να έχει έδρα το Φανάρι. Κατά την ένωση της Θεσσαλίας με την Ελλάδα, στην περιοχή μας υπήρχε μόνο η Μητρόπολη Φαναριοφερσάλων, ενώ όλες οι άλλες είχαν εκλείψει. Το 1899 μ.Χ. η Μητρόπολη "Φαναριοφερσάλων έγινε Επισκοπή με το όνομα Φαναριού και Θεσσαλιώτιδος. Από τότε μεταφέρθηκε η έδρα της Επισκοπής από το Φανάρι στην Καρδίτσα. Τέλος, από το 1931 πήρε τη σημερινή της ονομασία που είναι «Μητρόπολη Θεσσαλιώτιδος και Φαναριοφερσάλων».