Tα πολλά και σημαντικά μοναστήρια στην περιοχή κράτησαν ως θεματοφύλακες κειμήλια ανεκτίμητης αξίας, ζωντανά κομμάτια μνήμης μιας άλλης εποχής. Σε υψόμετρο 1400μ., στα δυτικά της Καρίτσας και λαξεμένο πάνω στο βράχο βρίσκεται ένα μοναδικό μνημείο, η Ι. Μ. Παναγίας Πελεκητής. Η ίδρυσή της τοποθετείται τον 16ο αιώνα. Το ξυλόγλυπτο τέμπλο, οι τοιχογραφίες, ιερά ευαγγέλια, χειρόγραφα, δισκοπότηρα και σκεύη μοναδικά αποτελούν αληθινό μουσείο θρησκευτικής κληρονομιάς. Σε υψόμετρο 800μ. και 25km ανατολικά της Καρδίτσας η Ι. Μ. Κορώνας αγναντεύει τον θεσσαλικό κάμπο. Η μονή είναι κτισμένη κατά τα αθωνικά πρότυπα του 10ου με 11ου αι.. Κοσμείται από άριστα διατηρημένες τοιχογραφίες με πολλά στοιχεία της κρητικής σχολής. Σπουδαίο πνευματικό ρόλο κατείχε κατά την περίοδο της τουρκοκρατίας και τούτο φανερώνεται από την δράση που ανέπτυξε ο ηγούμενός της και οσιομάρτυρας Σεραφείμ. Εδώ φυλάσσεται η τίμια κάρα του Αγίου. Στον χώρο του ναού λειτουργούσε και "κρυφό σχολειό".

Το 1943 οι Γερμανοί αποπειράθηκαν να πυρπολήσουν την μονή αφού διαδραμάτισε σημαντικό ρόλο στη διάρκεια της εθνικής αντίστασης. Η Ι. Μ. Πέτρας βρίσκεται κοντά στην κοινότητα του Καταφυγίου. Πήρε το όνομά της από ένα μεγάλο και πλατύ βράχο που υπάρχει στο Β.Α. στήθωμα που δημιουργεί μια μεγάλη σπηλιά. Η ίδρυσή της τοποθετείται στον 16ο αι. και στην ακμή της είχε 20 καλόγερους και 120 κελιά. Διατηρούσε αξιόλογη βιβλιοθήκη με σπάνια χειρόγραφα και περγαμηνές που δυστυχώς κλάπηκαν ή καταστράφηκαν. Στο ναό σώζεται και η εικόνα της Παναγίας της Γλυκοφιλούσας. Στον χώρο του ναού λειτουργούσε και "κρυφό σχολειό".

Στην πόλη υπάρχουν πολλοί Ιεροί Ναοί σε κάθε γειτονιά με επικεφαλής την Ιερά Μητρόπολη του Αγίου Κωνσταντίνου που εικονίζεται δίπλα και βρίσκεται κοντά στο παυσίλυπο. Εκτός της πόλης και μέσα στα όρια του νομού Καρδίτσας οι ναοί και οι μονές με μεγάλη ιστορία όπως η Ι.Μ. Κορώνης προς το Μοσχάτο, το μικρό ξωκλήσι της Ζωοδόχου πηγής που χτίστηκε το 1647 και περιέχει τοιχογραφίες πραγματικά αριστουργήματα του Ιερομόναχου Σαμουήλ, την Ι.Μ. Κοιμήσεως της Θεοτόκου στην Κερασιά που χτίστηκε το 1770, τον Ι.Ν. του Αγ. Παντελεήμονα στην Πεζούλα, ιδιαίτερη πατρίδα του Αγ. Σεραφείμ που ανακαινίστηκε τον 18ο αιώνα, την Ι.Μ. Αγίας Τριάδας στη Φυλακτή με το ξυλόγλυπτο τέμπλο του 1852 και τοιχογραφικό διάκοσμο του 17ου αι., τον Ι.Ν. Αγίου Νικολάου στο Νεοχώρι με εσωτερικές τοιχογραφίες του 16ου και 17ου αι., την Ι.Μ. της Παναγίας Πελεκητής που βρίσκεται κοντά στην Καρίτσα σε 1400μ. υψόμετρο και είναι λαξεμένη σε βράχο (από 'κεί πήρε και το όνομά της), ένα μοναδικό μνημείο ομορφιάς κι ενδιαφέροντος που κτίστηκε στα 1529 και περιλαμβάνει δυο ναούς με τοιχογραφίες του 1654 και του 1666. Μεγάλο το ετήσιο πανηγύρι της που πραγματοποιείται στις 15 Αυγούστου. ʼλλες δύο μονές με εξαιρετικό ενδιαφέρον είναι η Ι.Μ Κορώνας σε υψόμετρο 800 μ. μετά το Μοσχάτο σε περίοπτη θέση, η οποία παλιά ονομαζόταν Ι.Μ. Κρυεράς πηγής. Ο τύπος του καθολικού της Μονής (τετρακίονος αθωνίτικος) συναντάται και στο ʼγιο Όρος τον 10ο και 11ο αιώνα. Οι τοιχογραφίες του καθολικού χρονολογούνται στα 1587 και είναι κρητικής τεχνοτροπίας. Η Ι.Μ. Κορώνας έπαιζε σπουδαίο πνευματικό και θρησκευτικό ρόλο στα χρόνια της τουρκοκρατίας. Μια παράκαμψη μετά την Καστανιά οδηγεί προς το Καταφύγι και την Ι.Μ. Πέτρας, ένα ιστορικό μοναστήρι που που πήρε το όνομά του από το βράχο όπου σύμφωνα με την παράδοση εκεί σε μια σπηλιά βρέθηκε η εικόνα της Παναγίας. Περισσότερα από 400 τα χρόνια της Μονής της οποίας η τοιχογράφηση του καθολικού έγινε το 1625.

Η Μονή ερημώθηκε στις αρχές του αιώνα για να επαναλειτουργήσει τη δεκαετία του 1920 - 30 με πρωτοβουλία του Μητροπολίτη Ιεζεκιήλ. Ο Ιερός Ναός της Κοιμήσεως Θεοτόκου είναι μεγαλόπρεπος και βρίσκεται στην Καστανιά. Από εκεί κατάγονταν ο Πατριάρχης Καλλίνικος. Μεταξύ Μούχας και φράγματος βρίσκεται η Ι.Μ. Αγίας Τριάδας Σάϊκας της οποίας ο σωζόμενος Ναός χρονολογείται από το 1540.Στο χωριό Φανάρι μαρτύρησε ο ʼγιος Σεραφείμ, ο πολιούχος της Καρδίτσας. Το Φανάρι με την επισκοπή Φαρσάλων αποτέλεσαν τη Μητρόπολη των Φαναριοφαρσάλων. Στο Μαυρομμάτι, πατρίδα του Γεωργίου Καραϊσκάκη, υπάρχει το καθολικό της Ι.Μ. Αγ. Γεωργίου όπου υπηρετούσε η μητέρα του ήρωα. Είναι αθωνίτικου τύπου και ο τρόπος κάλυψής του είναι ασυνήθιστος για την Ελλάδα. Κυλινδρικές κάμαρες και χαμηλός τυφλός θόλος αντί τρούλου κοσμούν το Ναό. Κοντά στη Μονή βρίσκεται και το σπήλαιο όπου γεννήθηκε ο ήρωας.

Ο Ι.Ν. της Παναγίας που βρίσκεται στην Πορτή, περιέχει τοιχογραφίες που χρονολογούνται ως και τον 16ο αι. Ο Ι.Ν.του Αγ. Γεωργίου βρίσκεται στο Ανθοχώρι και χρονολογείται απο το 1717.Ο Ι.Ν. Κοιμήσεως της Θεοτόκου που βρίσκεται στη Γελάνθη είναι του 17ου αι. και έχει χαρακτηριστικό οκτάγωνο τρούλλο.

Σε υψόμετρο 800μ. βρίσκεται ένα απο τα σημαντικότερα μνημεία των Αγράφων, η Ιερά Μονή Αγ. Τριάδας στη Δρακότρυπα. Εκεί γεννήθηκε ο Όσιος Διονύσιος εν Ολύμπω. Στο χωριό Ανθηρό και σε υψόμετρο 800μ. βρίσκονται δύο σπουδαία μοναστήρια, της Κοιμήσεως της Θεοτόκου και Γεννήσεως της Θεοτόκου με τοιχογραφίες του 17ου και 18ου αι. ʼλλη μια αξιόλογη Μονή, της Γεννήσεως της Θεοτόκου βρίσκεται στο χωριό Βλάσι. Στα Βραγκιανά, που είναι κεφαλοχώρι των Αγράφων, υπάρχει η Ι.Μ. Μεταμόρφωσης επάνω στο βουνό Μιρμιτζάλα (1543μ.) χτίστηκε τον 17ο αι. και αποτελεί εκκλησιαστικό μνημείο. Εκεί είναι δυνατή η διανυκτέρευση.

Στο Καταφύλλι υπάρχουν οι εκκλησίες της Αγίας Κυριακής και της Μεταμόρφωσης του Σωτήρος με το χρυσοβαμμένο ξυλόγλυπτο τέμπλο και την εξαιρετική ακουστική καθώς για καλύτερη αντήχηση είχαν εντοιχίσει στους θόλους χάλκινα δοχεία. Ακόμη, στο Αργύρι υπάρχει η εκκλησία του Προφήτη Ηλία κτισμένη κατά το μεγαλύτερο μέρος της σε σπηλιά

Το σημαντικότερο ιερό μνημείο της Αργιθέας βρίσκεται στο κτηνοτροφικό χωριό Κουμπουριανά και είναι η Ι.Μ. Κοιμήσεως της Θεοτόκου ή Ι.Μ. Σπηλιάς σε υψόμετρο 800μ.που προκαλεί δέος στον επισκέπτη καθώς δίνει την εντύπωση ότι είναι κρεμασμένη σε απότομο βράχο. Είναι σημαντικό σημείο αναφοράς του αγώνα του 1821. Οι δυο ναοί της χρονολογούνται από τον 16ο αι. και στην Ι.Μ. Σπηλιάς είναι δυνατή η διανυκτέρευση του επισκέπτη στα κελιά της. Στην Ρεντίνα βρίσκεται άλλη μια Ι.Μ. Κοιμήσεως της Θεοτόκου που χτίστηκε το 1579 για την οποία γίνεται αναφορά σε πολυάριθμα ιστορικά συγγράμματα. Οι τοιχογραφίες είναι του 17ου αι. και τα παλιά τέμπλα αποτελούν χαρακτηριστικά τμήματα του μοναστηριού. Επίσης στη Ρεντίνα βρίσκεται και ο Ι.Ν. Αγ. Γεωργίου με εξωτερικές τοιχογραφίες του 18ου αι. Περνώντας το Ν. Ευρυτανίας και στο Φουρνά με υψόμετρο 1000μ. βρίσκονται 16 εκκλησίες. Μία εκ των οποίων και η Ι.Μ. Μεταμόρφωσης του Σωτήρος όπου κατά τη διάρκεια της τουρκοκρατίας λειτούργησε η περίφημη "σχολή Φουρνά". Εδώ υπάρχουν εικόνες του Διονυσίου εκ Φουρνά.

Στα πεδινά του νομού και στο δήμο Παλαμά βρίσκεται ο Ι.Ν. Αγίου Αθανασίου Ρούμ που αποτελεί μοναδικό θρησκευτικό μνημείο του κάμπου. Στην Κοινότητα Προδρόμου που βρίσκεται ελάχιστα χιλιόμετρα μακριά από την Καρδίτσα υπάρχει ο Ι.Ν. Αγ. Ιωάννη Προδρόμου πολιούχος του χωριού. Στη Μεταμόρφωση υπάρχει το ξωκλήσι της Μεταμόρφωσης του Σωτήρος που χρονολογείται από το 1864 στο Καλλιφώνι η Ι.Μ. Παναγίας Φανερωμένης, που χρονολογείται κι αυτή από τον 18ο αι. Τέλος, υπάρχουν πάρα πολλά ακόμη ξωκλήσια και ναοί στα πεδινά και ορεινά του νομού Καρδίτσας με λιγότερο ιστορικό ενδιαφέρον.